鮮奶殺菌法簡單可分2種，一是低溫殺菌，一是高溫殺菌，各有擁護者。支持低溫殺菌的消費者認為，鮮奶不經高溫殺菌可以保有更多的營養，支持高溫殺菌的消費者認為，鮮奶容易壞，高溫殺菌才能確保衛生安全。專家解惑，低溫殺菌鮮奶要有極佳乳源，且有層層關卡要照顧，才不致酸敗，至于營養成分與高溫殺菌鮮奶的差別，大約只有3％的差距。
國內排名第四的乳廠－義美鮮奶，日前因消費者反映鮮奶保鮮期未過就變酸，而被好市多暫時下架。義美總經理高志明在官網發布聲明表示，在好市多的產品是采速溫殺菌HTST，殺菌溫度84度Ｃ±5度，以保留更多的營養，但消費者購買及飲用各階段，若存放失溫，容易發生酸敗結塊情形。
低溫殺菌法首重生乳品質生菌數愈低愈好
國內乳品加工專家臺大動物科學技術系教授陳明汝解釋，俗稱低溫殺菌的HTST速溫殺菌法，適用于品質良好的乳源，生菌數要愈低愈好，國內生乳生菌數的標準須在10萬以下，但準備以低溫殺菌方式制成鮮乳的生乳，生菌數要低至1、2萬，否則就會有疑慮，因生乳經低溫殺菌后還是有生菌殘留，包裝成盒裝或罐裝鮮乳，生菌仍會持續成長，長到一定程度，鮮奶就會酸敗，因此，除了要有極佳品質的生乳之外，保存期限也不宜畫押太長時間，以敦促消費者，盡早喝完。
生菌數要達到極低標準，唯一方法就是透過良好的牧場管理，牧場環境及榨乳設備要干凈，乳牛也要健康，一旦乳房發炎，生乳中的生菌數及體細胞數量都會飆升；牧場如何保存生乳等待集乳車收乳，也很重要。
現在也有不少酪農是自產自銷，其中也有少部分牧場采用低溫殺菌，例如老爹鮮乳，根據消費者實測經驗，離開冰箱冷藏后提袋回家，中間大約有半小時時間，鮮奶是處于一般氣溫下，回家后再進冰箱，并未遇過鮮奶變質的經驗。
鮮奶買小瓶比買大瓶好開封后盡早喝光
生乳的另外一種殺菌法則是高溫殺菌，即UHT超高溫殺菌，溫度125～135度C，這是國內乳廠普遍使用的殺菌方式，陳明汝說，以超高溫殺菌方式制成的鮮乳，對于生乳的要求標準沒那么嚴格，運送的冷鏈及保存條件，比較寬松，買完鮮奶后不一定要直接沖回家進冷箱冷藏。臺灣夏季溫度偏高，比較適合使用高溫殺菌產制鮮奶。
冷鏈是鮮乳保存的重要關鍵，陳明汝說，鮮奶從工廠到賣場再到消費者購買后，進家里冰箱，保持7度C以下低溫，是關鍵，但如果賣場的冷藏裝置為開放式，溫度是否起伏，消費者購買時，要多觀察、留意，買了以后，就盡早送進冰箱冷藏，冷藏的溫度要調低一些，但以不結冰為限。
如果是到好市多買鮮奶，賣場很大，即使最后一個拿鮮奶，等到結完帳，再走到停車場也需要一些時間，陳明汝建議可以使用冰塊及保冷袋，將鮮奶維持于低溫狀態。家里人口少，也不要買大瓶裝，建議買不到1公升容量的小瓶裝，開了就盡快喝完，否則一大瓶2公升或1加侖裝的鮮奶，要喝太久，只會增加酸敗風險而已。
2種殺菌法鮮奶營養成分差異不明顯
至于營養成分的差異，陳明汝說，經2種殺菌法后鮮奶的營養成分沒有明顯差別，鮮奶的主要營養成分為蛋白質、鈣質，這些不會因為UHT而被破壞，只有維生素A、D，以及B群會因為高溫而氧化，但這些維生素并沒有被認為是鮮乳的主要營養成分。
